مادر حجت الاسلام سید حسن خمینی، سیده فاطمه طباطبایی، از سلسله جلیله سادات و از صاحب نام ترین خانواده های علمی ایران به شمار می آید.

ایشان صبیه مکرمه آیت الله العظمی سلطانی طباطبایی از سادات طباطبایی بروجرد است که با 33 واسطه نسب به حضرت امام حسن مجتبی می رساند و در شجره نامه ایشان نسبت خویشاوندی با علامه بحر العلوم هم دیده می شود. مادر فاطمه هم که صدیقه نام داشت فرزند آیت الله العظمی سید صدر الدین صدر از مراجع ثلاث و نوه آیت الله العظمی حاج آقا حسین قمی (ره) از مراجع عظام وقت بود.

خانم فاطمه طباطبایی در رشته فلسفه اسلامی تحصیل کرده و موفق به اخذ درجه دکترا در این رشته شده اند. ایشان صاحب تالیفات متعدد بوده و به تازگی کتاب خاطرات ایشان به نام "اقلیم عشق" منتشر گردیده و با استقبال شایان علاقمندان مواجه گردیده است.