نوه بزرگوار امام خمینی در سن 24 سالگی با سیده فاطمه فرزند گرانقدرآیت الله سید محمد موسوی بجنوری فرزند مرحوم آیت الله العظمی سید حسن موسوی بجنوردی از مراجع و علمای بزرگ نجف وصلت نمود. مشارالیها نوه مرحوم آیت الله العظمی سید ابوالحسن اصفهانی می باشد. حاصل این ازدواج 4 فرزند به نامهای سید احمد، سیده نرگس، سیده فرشته و سيد محمد هادي می باشد.